I thought she told a lie.
だけに注目しましょう。
英語は時制をあわせるので
これを過去ではなく現在にすると
I think she tells a lie.
彼女は嘘つきだと思います。
となってしまうのです。
なんか意味が変わってしまいましたよね?
つまり
I think she told a lie.
彼女は嘘をついたと思った。
を過去にしたいのであれば
I thought she had told a lie.
となりますよね。
それか回答のように
思った瞬間にまだ話していると想定して
進行形にするかです。